Am 23. Februar 1985 wurde die Deutsche Triathlon Union e.V. gegründet. In Worms am Rhein fusionierten Deutscher Triathlon-Verband (DTV) und Deutscher Triathlon Bund (DTrB) nach langen Verhandlungen unter der geschickten Führung von Gründungspräsident Joachim Fischer zur DTU. Martin Engelhardt trat 1987 die Nachfolge von Herrn Fischer an und am 5. Dezember 1987 wurde der Dachverband in den Deutschen Sportbund (DSB) aufgenommen. Am 12. Mai 1990 wurde in Leipzig der Triathlonverband der ehemaligen DDR gegründet, bereits am 28. Oktober des gleichen Jahres integrierte sich dieser in die DTU.
Joachim Fischer gab zusammen mit Frank H. Schatz auf dem letzten Verbandstag des Hessischen Triathlon Verbands (HTV) im Februar 2010 den Delegierten Anekdoten über die schwierige Gründungsphase der DTU preis. Er verdeutlichte das komplizierte Verhältnis der beiden Verbände, die unterschiedlichen Lagern zuzuordnen waren. Das eine Lager (DTV), eher elitär und leistungsorientiert an Spitzensportlern interessiert, bemühte sich hingegen die andere Fraktion (DTrB) um die Integration des Breitensports. Die Fusion brachte - bildlich gesprochen - die beiden einbeinigen Athleten zusammen und schaffte die Grundlagen für den sportlichen Durchmarsch im Ironman Triathlon und im olympischen Triathlon. Eine vielschichtige Veranstaltungslandschaft mit gut organisierten Wettkämpfen verschiedener Streckenlängen und ein breit gefächertes Vereinsleben deuten auf die deutschlandweite Etablierung und eine gewisse strukturelle Robustheit der Sportart Triathlon hin.
Dem DTU-Ehrenpräsident Martin Engelhardt folgte Klaus Müller-Ott nach, der die Weltmeisterschaften 2007 nach Hamburg holen konnte und eine Karriere bis in das Executive Board der International Triathlon Union (IUT) schaffte. Aktuell wird die DTU formal von der Juristin Claudia Wisser geführt. Ihr zur Seite steht Geschäftspartner und Vizepräsident Finanzen Ralf Eckert, dem Insider die eigentliche Führungsrolle im Verband attestieren.
Nach sportlichen sehr erfolgreichen Jahren (1997 Ironman Weltmeister Thomas Hellriegel, 2004 und 2006 Ironman Weltmeister Normann Stadler, 2005 Ironman Weltmeister Faris Al-Sultan, 2007 ITU Weltmeister Daniel Unger, 2008 Triathlon Olympiasieger Jan Frodeno) befindet sich der finanziell zuweilen knapp aufgestellte nationale Spitzenverband für den Triathlonsport noch immer in von Machtkämpfen und zahlreichen juristischen Scharmützeln und Auseinandersetzungen geprägten unruhigen Fahrwassern.